Sora và 2 người bạn của cậu là goffy và donald bất tỉnh trong vòng một năm. Khi Sora tỉnh dậy, cậu xuất hiện ở Twilight Town (thị trấn hoàng hôn), nơi mà một cậu bé bí ẩn, Roxas, đã ở trước khi cậu ta biến mất một cách kì lạ. Sau đó, Sora tiếp tục sứ mệnh của mình bằng cách mở những con đường tới những thế giới mới (thế giới của Walt dysney), tìm hiểu về Nobody và chiến đấu với Heartless, và đối mặt với những thành viên còn lại của tổ chức bí ẩn, Organization XIII. Trong cuộc phiêu lưu, Sora tìm hiểu về Roxas và sự tương đồng giữa hai người họ.